Válka mezi Federací a Cardassií konečně skončila. Uzavřel se mír mezi oběmi znepřátelenými stranami. Dlouho okupovaná a drancovaná planeta Bajor byla konečně svobodná. Cardassiani odešli a na oběžné dráze zanechali vesmírnou stanici Terok Nor, která jim sloužila ke zpracování rudy. Byla ustavena prozatímní vláda, která požádala o pomoc Hvězdnou flotilu, aby dohlédla na opětovný provoz a pomohla vzpamatovat se strádajícím Bajoranům. Správu stanice přebírá její nový velitel - komandér Benjamin Lafayette Sisko, kterého jmenoval do funkce samotný kapitán Jean-Luc Picard. Také se mění jméno stanice, a to na "Stanici Hluboký vesmír 9" (Deep Space 9).
Nedlouho potom narazí komandér Sisko s poručíkem Jadzií Dax v Denorijském pásu uvnitř bajorského systému na nezvykle vysoké hladiny neutrin. Po přiblížení do oblasti se před ním objeví ústí červí díry, bajorského Nebeského chrámu. Runabout vletí dovnitř a posléze vynoří na opačné straně červí díry. S úžasem zjišťují, že urazili 70 000 světelných let a ocitli se v neprobádaném kvadrantu gama. Při cestě zpět zastaví jejich plavidlo neznámá síla uvnitř červí díry a komandér Sisko zjišťuje, že je obydlena bytostmi, které Bajorané ve svém náboženství nazývají Proroky. Od nich se dozvídá, že červí díra je jejich domovem, který si vystavěli. Nejdůležitější je ale fakt, že je červí díra stabilní a že její obyvatelé umožnují její využití jako dopravního spojení mezi oběma kvadranty. Objev však upoutá také Cardassiany, kteří si ji začínají nárokovat. Proto je stanice přesunuta z orbity planety Bajor přímo k ústí červí díry.
Tímto se z Bajoru stává nová mezihvězdná křižovatka a ze stanice Deep Space 9 centrum obchodu a strategické místo celého sektoru. Komandér Sisko sám se nechtěně stává vyslancem Proroků, jehož příchod je popsán v mnoha bajorských náboženských proroctvích, který je podle nich člověkem, jež najde Nebeský chrám a sjednotí tím bajorský lid... Cardassiané se ale nehodlají vzdát... a naneštěstí, druhou stranu galaxie, kvadrant gama, také neobývá nikdo mírumilovný, o čemž se posléze přesvědčí i nová posádka stanice...
Benjamin Lafayette Sisko (Avery Brooks) - velitel stanice Deep Space 9, později kapitán U.S.S. Defiantu je nejvyšším zástupcem Federace na Bajoru. Proti své vůli se stal také Vyslancem Proroků bajorského lidu poté, co byl jimi kontaktován v červí díře. Dlouhou dobu tuto svou roli odmítal a pouze ji tiše trpěl, ale postupem času si na ni zvykl, i když k mírné nelibosti Hvězdné flotily. Ovdověl při bitvě s Borgy u Wolfu 359 a na stanici vychovává svého synka Jakea. Nejblíže má Ben k Jadzii Dax, která se stala novým hostitelem jeho přítele Curzona. Dlouho byl jeho vztah k ženám více než chladný a to zejména díky smrti své manželky, kterou velmi miloval, ale když se seznámil s kapitánem transportní lodi Kasidy Yates, zdálo se, že se opět zamiloval. Zbožňuje baseball a vaření. Rád sbírá staré africké artefakty a jeho oblíbeným sportem je i wrestling, protože ho sám provozoval už na Akademii. Nic ho jen tak nevyvede z míry, ale když se to už někomu podaří, je pak nemilosrdný. Při své službě mimo jiné učinil první kontakt s Jem'Hadary a Dominionem v kvadrantu gama.
Kira Nerys (Nana Visitor) - je Bajoranka [Bejdžoranka] - nejvyšším vojenským zástupcem a styčným důstojníkem svého lidu na stanici Deep Space 9 - fakticky se tak stala Siskovým prvním důstojníkem. Za cardassianské okupace bojovala s hnutím odporu a za to si vysloužila dobré jméno v očích prozatímní vlády a byla dosazena na toto prestižní místo. Ona sama byla zpočátku proti spolupráci s Federací, protože se obávala další okupace, ale posléze poznala, že záměry Federace jsou čisté a sama podporovala připojení Bajoru. Stejně jako drtivá většina Bajoranů Kira věří v Proroky, i když se její náhled na víru Siskovým působením velmi změnil. Má velmi tvrdohlavou a nezávislou náturu a sklon řešit věci po svém. Vždy ale své instikty drží na uzdě a to i před dříve nenáviděnými Cardassiany. Její velkou láskou byl vedek Bareil a po jeho smrti ministr Shakaar, ale skutečnou lásku našla teprve u konstábla Oda. Velmi se sblížila i s O'Brienovými, protože byla po jednom incidentu nucena donosit jejich druhé dítě a po jeho porodu se stala jeho kmotrou. Kira má obrovský odpor k simulátorům.
Odo [Ital] (Rene Auberjonois) - je zřejmě nejbizarnějším obyvatelem na Deep Space 9. Pracuje zde jako šéf bezpečnosti a jeho ostřížímu zraku nikdy nic neunikne. Má neobyčejnou schopnost měnit svůj vlastní tvar a proměňovat se prakticky do čehokoli. To mu vysloužilo přezdívku "měňavec", protože on sám neví, odkud pochází, ani jak vznikl. Kdysi byl nalezen v Denorijském pásu a bajorští vědci, kteří nevěděli, zda je to vůbec živé, ho pojmenovali "neznámý vzorek", tedy Odo Ital. Jeho "otcem" se stal vědec Mora, který ho všemu naučil. Odo posléze svůj původ odhalil, ale nebyl z toho vůbec nadšený. Jeho lidé jsou totiž Zakladatelé Dominia, vojenské organizace, která si podmanila téměř celý kvadrant gama. Odvrátil se tedy od svého lidu a snažil se začlenit do společnosti "Pevných", ale díky své velké odlišnosti to má velmi složité. Zamiloval se do majora Kiry, ale dlouho nenašel odvahu ji to říct. Na rozdíl od ostatních důstojníků je jeho místo na Promenádě stanice, aby tak měl blíž ke zločinu. Jeho stabilním "zákazníkem" se stal ferengský barman Quark, kterého preventivně podezřívá z každého zločinu spáchaného na stanici.
Jadzia Dax (Terry Farrell) - je vědeckým důstojníkem stanice. Patří k rase Trillů, jejichž jedinci se skládají s těla hostitele a z malého slizkého symbiota. Hostitelé jsou celý život připravováni na spojení se symbiontem, ale jen malému procentu se to opravdu podaří. Symbiont žije několik stovek let a přechází z hostitele do hostitele a přitom si zachovává jejich vzpomínky a zkušenosti. Předchozím hostitele Daxova symbionta byl dobrý Siskův přítel a mentor Curzon a proto i Jadzia Dax, která má Curzonovy vzpomínky, je Siskovým přítelem. Na druhou stranu je Jadzia i velmi atraktivní žena s poněkud zvláštním vkusem. Velmi si oblíbila klingonskou kulturu, hlavně proto, že jeden z jejích předchozích hostitelů si získal u Klingonů úctu. Není proto divu že se zamilovala do Worfa, i když z počátku to mezi nimi pouze jiskřilo. 
Julian Subatoi Bashir (Alexander Siddig)
- je mladý, inteligentní, talentovaný doktor, který se dobrovolně nechal převelet na Deep Space 9, aby byl v "první linii". Nezajímá se jen o medicínu, ale i o ženy a sport. Ze začátku se vytrvale snažil získat přízeň Jadzie Dax, ale nakonec to vzdal. Na první pohled má velmi otravnou osobnost, díky které si jen těžko hledá přátele. Jediný, kdo s ním zprvu mluvil, byl cardassianský krejčí a potenciální špeh Garak, který k tomu měl své vlastní důvody. Bashir se ale nakonec velmi sblížil s Milesem O'Brienem a spolu podnikali různá holo-dobrodružství, ze kterých Keiko příliš radost neměla. Jeho odbornost je ale nesporná, vystudoval jako druhý nejlepší v ročníku a jeho úspěchy na poli mimozemské medicíny mu vynesly i nominaci na lékařskou cenu, kterou ke své velké lítosti nevyhrál. V mládí uvažoval o kariéře v tenise, kterému se věnuje dodnes. 
Miles Edward O'Brien (Colm Meany) - náčelník operačního oddělení, který je klíčovým pro provoz stanice. Přišel na stanici z Enterprise-D, kde pracoval jako šéf přepravy, i se svou ženou Keiko a dcerou Molly. Jeho rodině se na stanici příliš nelíbilo a když byla zrušena škola, ve které Keiko učila, našla si práci na Bajoru. Kdysi bojoval ve válce proti Cardassianům a proto je ještě dnes nemá příliš v lásce. Ačkoliv velí veškerému technickému personálu, nepatří mezi důstojníky, protože nikdy nevystudoval Akademii Hvězdné flotily. To mu však vůbec nevadí, protože z titulu své funkce je nadřízeným nižších důstojníků. O'Brien měl spoustu práce s cardassianským počítačovým systémem stanice, který si vyžaduje jeho neustálou pozornost. Není proto divu, že příliš volného času nemá, ale pokud ano, tráví ho povětšinou s rodinou nebo s doktorem Bashirem. K jeho oblíbeným sportům patří jízda na kajaku, při které mu je fuk, že si často vykloubí rameno.
Worf
(Michael Dorn) - začínal na Enterprise-D jako záložní kormidelník, o rok později to dotáhl až na šéfa bezpečnosti a taktického důstojníka. Na Enterprise-D sloužil plných sedm let, než si ho v roce 2372 vyžádal Ben Sisko, aby nastoupil na stanici Deep Space 9 a sloužil jako prostředník v klingonském konfliktu. Se svou láskou ze studií má syna Alexandra, který žije na Zemi s adoptivními rodiči Sergeyem a Helenou Rozhenkovými, kteří vychovávali i Worfa od jeho šesti let. Na stanici se ale moc dobře necítil a poté, co jeho kajutu navštívil někdo cizí a Odo se k tomu stavěl dosti laxně, rozhodl se přesídlit na Defiant. Tím se ale trochu odtrhl od ostatních a navazování přátelství se tak stalo ještě těžší. Musel se postavit zády ke klingonskému impériu, aby zůstal loajální k Federaci a proto v očích Klingonů ztratil svou čest, kterou se postupně opět snaží získat. Do skutečného života ho vrátí až Jadzia Dax, která jako on nalézá potěšení v bojovém umění a se kterou se nakonec ožení.
Jake Sisko (Cirroc Lofton) - žije se svým otcem na stanici Deep Space 9. Sice mu chvíli trvalo, než si zvykl, ale nakonec si v novém domově uměl najít to pozitivní. K tomu patří i jeho přátelství s ferengským chlapcem jménem Nog, na kterého má velký vliv. Otec chtěl, aby se Jake přihlásil na Akademii, ale nezvedený synek měl zcela jiné plány. Chtěl se stát spisovatelem, což musel jeho otec nakonec akceptovat. Během bojů s Klingony a války s Dominionem dokonce sloužil jako válečný zpravodaj, i když k velké nelibosti svého otce.
Ezri Dax (Nicole deBoer) - se stala po tragické smrti Jadzie novým hostitelem. Stalo se tak nechtěně kvůli komplikacím, které nastaly při převozu symbionta na domovskou planetu k nové transplantaci. Protože Federace chtěla ponechat Dax v aktivní službě, přebírá Ezri na stanici post poradce, protože na Akademii studovala lékařství se zaměřením na psychologii. Nikdy nechtěla podstoupit spojení se symbiontem a tak na to nebyla zcela připravena. Když poprvé "opět" zavítala na stanici, musela se postavit psychickým problémům z toho, že ji berou jako někoho jiného, ale postupem času se stala hodnotnou členkou posádky.