Hvězdná loď Enterprise je právě na rutinních tréninkových manévrech pro kadety Hvězdné akademie. Admirál James T. Kirk je smířen se skutečností, že tato inspekce bude zřejmě jeho poslední misí ve vesmíru. Objevuje se však Kirkův starý nepřítel Khan Noonien Singh, který se vrátil i s řadou svých věrných stoupenců – geneticky vylepšených superlidí. Podaří se jim ukořistit loď Hvězdné flotily U.S.S. Reliant a dobýt s ní vědeckou stanici Regula 1, kde Hvězdná flotila vyvíjela zařízení s názvem Projekt Genesis, které by v nepovolaných rukou mohlo rozpoutat galaktický armagedon. Jediný, kdo může Khana včas dostihnout před aktivací zařízení, je admirál Kirk se základní posádkou a Enterprise plnou nezkušených kadetů...